Las primeras noticias que tenemos de la estación de penitencia de la Archicofradía son del siglo XVI, y desde entonces, según los datos de los que disponemos, se ha verificado la noche del Jueves Santo.
Hasta 1688 la Archicofradía realizaba estación de penitencia desde la Iglesia de San Juan Bautista a la Iglesia de Santa María, intramuros de la ciudad. Esta iglesia, fundada por la consagración de la mezquita mayor tras la reconquista, era la de mayor importancia de Vélez-Málaga.
Con el paso de los años y debido al crecimiento de la ciudad extramuros de la primigenia Villa,con consiguiente desplazamiento del centro de gravedad hacia poniente, así como por las dificultades que el trazado de la Villa suponía en el trascurrir de las Cofradías, el Cabildo de la Ciudad decidió, en el citado año de 1688, modificar la estación de penitencia de las Cofradías veleñas. El nuevo recorrido transcurría partía de la Iglesia de San Juan y transcurría por las calles Alhóndiga, Coronada, Enmedio, Monjas, Carmen, Carrera y San Francisco. En este nuevo itinerario se verificaba Estación de Penitencia en San Juan de Dios, y en los convento de las Clarisas, Carmen y San Francisco.