Desde entonces reciben culto sin interrupción en la misma hasta el día de hoy, con el intervalo de dos años entre septiembre de 2006 y septiembre de 2008, en que ha permanecido en la Ermita de Nuestra Señora de los Remedios Coronada, debido a las obras de restauración que han sufrido, el convento, la iglesia y la capilla de nuestra Archicofradía.
La Archicofradía durante toda su historia ha estado radicada en la Iglesia de Santiago del Real Convento de San Francisco, situada en la calle carrera se San Francisco, en el centro histórico de la ciudad de Vélez-Málaga. El horario de misas en periodo invernal es a las 19 h todos los días y a las 11 de la mañana los domingos y festivos. La misa de tarde varía en periodo de primavera y otoño a las 20 horas y en los meses de Julio y Agosto a las 21 horas. La iglesia permanece abierta desde cuarenta y cinco minutos antes del horario de misa.
La iglesia de Santiago, que hoy conocemos como San Francisco, surge de la consagración de una mezquita situada extramuros de la Ciudad de Vélez-Málaga tras la reconquista de la plaza por los Reyes Católicos el 27 de Abril de 1487, produciendose su entrada oficial el 3 de Mayo. El culto comenzó en nuestra iglesia el 9 de Octubre de 1487. Desde sus inicios la iglesia estuvo ligada a los franciscanos, pues la recién constituida parroquia fue encomendada a un franciscano, fray Pedro, que habitaba en una casa del arrabal anexa a la iglesia de Santiago.
En 1.498, siendo Fr. Antonio de Sangrelinda Custodio de Sevilla, comenzaron las obras de la fabrica del convento de Santiago de Vélez-Málaga, como se constata en el testamento de D. Pero Ponce de León, fechado a 12 de Octubre de 1.498, donde se habla de la Iglesia de Santiago como monasterio de San Francisco, habitado por frailes, y se hace referencia a las obras que se realizaban. Aunque será el 15 de Diciembre del mismo año cuando los Reyes Católicos promulgan la Real Cedula de Ocaña, en la que se da el espaldarazo definitivo a la fundación veleña. La toma de posesión de los frailes se efectuó a partir del 20 de Noviembre de 1.499, cuando se ordena la misma por Real Cedula dada en Granada en esa fecha.
La Archicofradía de la Vera+Cruz de Vélez-Málaga, matriz de la nuestra tiene sus orígenes ligados a la misma fundación del covento, habiendose hallado datos de su existencia con anterioridad a 1499. La Archicofradía recibía culto en una capilla situada bajo el coro de la iglesia, con la que no conecta en la actualidad, al ser tapiada en la década de los 40 del pasado siglo. En la reforma llevada a cabo en los últimos años, ha pasado a formar parte de las dependencias del convento. Esta capilla como otras de la Vera+Cruz, además de acceso por la iglesia, contaba con entrada exterior, que desapareció en una posterior reforma del convento franciscano a finales del siglo XVIII.
En esta capilla permaneció Jesús “El Pobre” desde la fundación de la Hermandad, con toda probabilidad en el primer tercio del siglo XVII, hasta los primeros años del siglo XIX.
Las reformas del siglo XVIII que sufrío el convento que afectaron de forma importante a la iglesia, se cubrió el artesonado mudejar, tomando su actual aspecto barroco y se labró una nueva nave del evangelio, con portada del arquitecto turolense Martín de Aldehuela. En esta nueva nave constrirá capilla la Archiofradía, finalizandose las obras de la misma en 1822.